Vor Stiftung der Vilniusser Universität studierten die Adligen Litauens im Ausland: in Krakau, Prag, Sarbon. 1569 wurde nach Vilnius der Jesuitenorden durch den Erzbischof Protasevicius eingeladen. In einem Jahr gründeten die Jasuiten ein Collegium, das der Meinung des Bischofs nach, zum wichtigsten Waffen im Kampf mit der Reformation werden sollte, später 1579 wurde die Vilniusser Universität durch eine päpstliche Bulle von Gregor des 13-ten als Universität etabliert.

Der erste Universitätsrektor war Petr Skarga, der Priester und ausgezeichneter Orator. Die Universität wurde nach dem Modell des Jesuitencollegiums in Rom gegründet : nur mit 2 Fakultäten – teologischer und philosophischer. Später wurden noch 2 Fakultäten – juristische und medizinische gegründet.

Im Laufe der Zeit überlebte die Universität viele Umwandlungen, hatte und hat aber den Status des wichtigsten intilektuellen Zentrums des Landes behalten.Sie gilt als eine der ältesten und ehrwürdigsten Hochschulen Mittel- und Osteuropas, noch älter sind nur die Universitäten von Prag, Krakau und Königsberg. In verschiedenen Zeitabschnitten wirkten hier viele europaweit bekannte Wissenschaftler, Philosophe, Schriftsteller. Die Höfe und Hörsälen der Universität behalten noch die Erinnerung an die Studenten, die später zur berühmten Persönlichkeiten geworden sind. Nur einige von ihnen möchte ich erwähnen: der Dichter Motiejus Kazimieras Sarbievijus, der Verfasser der ersten russischen Grammatik Meletii Smotryzki, der Astronom Martynas Pocobutas, der Naturwissenschaftler Johann Georg Forster, der mit James Cook auf Expedition ging, die Dichter Adam Mickiewicz und Julius Slowacki, der Pionier des litauischen nationalen Erwachens Simonas Daukantas, die Mediziner Johan Frank und sein Sohn Joseph Frank. Professoren wie Studenten vertraten zahlreiche Nationalitäten. Neben Litauern, Polen, Russen, Weißrussen und Ukrainern, lehrten und studierten hier Deutsche, Engländer, Schotten, Schweden Norweger, Portugieser, Spanieer u.a.

Ein Teil des lebendigen kulturellen Erbes besteht in der umfangreichen Literatur des Großfürstentums in lateinischer Sprache. In der Renaissancezeit waren sogennante literarische Spiele sehr populär. Litauische Realien wurden im Stil von Horaz, Ovid oder Titus Livius dargestellt, mit der Gediminasburg als Kapitol und den Vilniusser Bürgern als Römern. Außerdem enstanden epische Poeme, rhetorische Werke.

1990, nach der Deklaration der Unabhängigkeit, wurde der Universität der Status festgelegt, der ihr die Autonomie zurückgegeben hat.