Die erste Kirche am Standort wurde im 14. Jahrhundert errichtet. Einige Quellen, darunter Theodor Narbutt, geben an, dass sich hier vorher eine heidnische Kultstätte befunden habe. Diese Information wurde lange bezweifelt. Neuere archäologische Forschungen (Urbanavičius) zeigen indessen bemerkenswerte Übereinstimmungen zwischen der Beschreibung der Kultstätte und den tatsächlichen Funden.
Während der Zugehörigkeit Litauens zur Sowjetunion diente die Kathedrale auch als Galerie.
In der Kathedrale sind Alexander der Jagiellone, König von Polen und Großfürst von Litauen, und Barbora Radvilaitė beigesetzt.